El Programa de seguiment i control és el document que planifica i ordena el conjunt de mostrejos que es realitzaran a camp, amb una determinada freqüència en funció de l’element de qualitat a mesurar i de la pressió antròpica que té cada massa d’aigua, per a l’obtenció de mostres d’aigua, sediments o biota, tant en aigües superficials com subterrànies (en aquest cas tan sols aigua), per a l’anàlisi de paràmetres fisicoquímics, biològics, hidromorfològics, de substàncies prioritàries i preferents, o en el cas de les aigües subterrànies, de paràmetres químics i quantitatius (nivells piezomètrics), així com contaminants emergents rellevants. El programa de seguiment i control s’executa sobre les masses d’aigua del Districte de conca fluvial de Catalunya (rius, embassaments, estanys, zones humides, estuaris, badies, aigües costaneres i aigües subterrànies), tot i que per a les masses d’aigua de les conques intercomunitàries a Catalunya (Ebre, Garona i Xúquer), l’Agència Catalana de l’Aigua també pot efectuar, de mutu acord amb l’organisme de conca competent, els controls necessaris per a complementar i obtenir una visió de la qualitat de les masses d’aigua uniforme per a tot Catalunya.
Per a l’execució del Programa de seguiment i control es te en compte l’estructura i el funcionament dels ecosistemes aquàtics, així com els paràmetres fisicoquímics i hidromorfològics que els condicionen, d’acord amb els criteris establerts a la Directiva marc de l’aigua, i els elements químics i de nivell d’aigua en el cas de les masses d’aigua subterrànies.
Els resultats que s’obtenen serveixen per establir l’estat de les masses d’aigua i analitzar la seva evolució. D’aquesta manera, es pot avaluar el grau de compliment dels objectius ambientals, i establir o analitzar les mesures necessàries per assolir-los. Aquestes mesures, així com el grau de compliment dels objectius ambientals i la previsió per a assolir-los, son elements que s’incorporen al Pla de gestió del districte de conca fluvial de Catalunya. El seguiment de l’estat de les masses d’aigua permet analitzar l’eficiència de les mesures implantades (sistemes de sanejament, restauració ecològica, descontaminació d’aqüífers, implantació de cabals ecològics, etc.).