Parque Natural de Montesinho, no nordeste português

As áreas protegidas de Portugal incluem um parque nacional, treze parques naturais (o mais recente criado em 2005), nove reservas naturais, cinco monumentos naturais, e seis paisagens protegidas, que vão desde o Parque Nacional da Peneda-Gerês ao Parque Natural da Serra da Estrela. Em 2005, a Área de Paisagem Protegida do Litoral de Esposende, foi promovida a Parque Natural para "a conservação do cordão litoral e dos seus elementos naturais físicos, estéticos e paisagísticos."

O clima e a diversidade geográfica moldaram a flora portuguesa. No que diz respeito às florestas portuguesas estão muito difundidos, por razões económicas, o pinheiro (especialmente as espécies Pinus pinaster e Pinus pinea), o castanheiro (Castanea sativa), o sobreiro (Quercus suber), a azinheira (Quercus ilex), o carvalho português (Quercus faginea) e o eucalipto (Eucalyptus globulus).

A fauna de mamíferos é muito variada e inclui a raposa, texugo, lince ibérico, lobo ibérico, cabra selvagem (Capra pyrenaica), o gato selvagem (Felis silvestris), a lebre, a doninha, o sacarrabos, gineta, e ocasionalmente urso pardo (perto do Rio Minho, perto da Peneda-Gerês) e muitos outros. Portugal é um lugar de paragem importante para aves migratórias que se deslocam entre a Europa e África, em lugares como oCabo de São Vicente ou a Serra de Monchique, onde podem ser vistos milhares de pássaros que voam a partir da Europa para África noOutono ou no sentido oposto na Primavera. Portugal tem cerca de 600 espécies de aves, entre as quais 235 nidificantes e quase todos os anos há novos registos. As ilhas dos Açores e da Madeira têm algumas espécies de origem americana, europeia e africana, enquanto o continente regista espécies de aves de origem europeia e africana.

Camaleão da região do Algarve

Portugal tem mais de 100 espécies de peixes de água doce que variam desde o bagre gigante europeu (Parque Natural do Tejo Internacional) a pequenas espécies endémicas que vivem apenas em pequenos lagos (Zona Oeste, por exemplo). Algumas destas espécies raras e específicas estão altamente ameaçadas devido à perda de habitat, poluição e secas. As águas marinhas portuguesas são umas das mais ricas em biodiversidade do mundo. As espécies marinhas são na ordem dos milhares e incluem a sardinha (Sardina pilchardus), o atum e acavala do Atlântico. A bioluminescência marinha está muito bem representada (em espectros de diferentes cores e formas), com fenómenos interessantes, como o plâncton brilhante, que é possível observar em algumas praias. Em Portugal também é possível observar o fenómeno deressurgência, especialmente na costa oeste, que torna o mar extremamente rico em nutrientes e biodiversidade.