La Escuela Militar nace con la República en 1838.

Don Vicente Rocafuerte, comprendiendo que para consolidar el nuevo Estado era indispensable contar con soldados capaces y de honor; dispone mediante decreto ejecutivo firmado el 8 de marzo la creación del Colegio Militar, inaugurándose el 7 de mayo del mismo año en el convento de San Buenaventura, cerca del histórico templo de San Francisco, donde funcionó durante 7 años.

El Sr. José Félix Valdivieso presidente de la Convención y encargado del Poder Ejecutivo, decreta el cierre temporal del Colegio Militar ella de abril de 1845, permaneciendo en esa situación hasta inicios del 1869.
Largos años pasaron hasta que otro ilustre ecuatoriano, Gabriel Garcia Moreno, la volvió a estructurar.

Esta vez con el nombre de Escuela Práctica de Cadetes, en 2 de abril de 1869; funcionó inicialmente.
En el convento de San Agustín y luego en la casa No.31 de la carrera Venezuela. Penosamente , el asesinato cometido en la persona del ilustre mandatario significó una suspensión temporal de la vida del Instituto. El 6 de febrero de 1876, el presidente Antonio Borrero decreta la clausura de la Escuela.

El 13 de agosto de 1888, el presidente Antonio Flores Jijón sanciona el decreto legislativo del 8 de agosto del mismo año en el que se reabre la Escuela, funcionando en el cuartel del Regimiento de Artillería de Montaña (conocido después como Cuartel Real de Lima).

En el año de 1892 la Escuela es reorganizada por el Dr. Luis Cordero, adquiriendo par el efecto la quinta de la familia Uribe, situada frente al Ejido, donde se levanta actualmente el edificio del Seguro Social.

Por efecto de la Revolución Liberal se interrumpe su funcionamiento. Casi inmediatamente después de consolidado el poder liberal, en general ELOY ALFARO decreta la reapertura del Colegio Militar el11 de diciembre de 1899, en el campo de Marte; luego, en la Recolecta, y desde 1937 en la Pradera. Desde esa fecha hasta el presente, la Escuela no ha interrumpido sus labores.

Finalmente, el Dr. José María Velasco Ibarra, el 5 de octubre de 1970 decreta la creación de la Escuela Militar como Instituto de Educación Superior, la misma que durante dos décadas ha crecido experimentando modificaciones que, en la actualidad, se han consolidado gracias al convenio existente con la Escuela Politécnico del Ejército. En el año de 1974 se adquirió la hacienda de Parcayacu y se inició la construcción de sus nuevas y definitivas instalaciones, en las cuales comenzó a funcionar a partir del 4 de octubre de 1981.

A inicios de 1995, los Cadetes de los dos últimos años participaron en la exitoso defensa de la Integridad Territorial y del Honor Nacional, integrando la Brigada Movilizada Cenepa, y los diferentes repartos militares que escribieron una página gloriosa de la historia militar ecuatoriana.

El proceso de modernización institucional que se inició con cambio de siglo, significó también que la Escuela Militar actualice el modelo de inteaprendizaje con el que los futuros oficiales se capacitaban, por lo que su malla curricular se adaptó a los nuevos escenarios y a las necesidades de la fuerza. La formación integral hoy da como resultado Subtenientes de Arma y Servicios, Licenciados en Ciencias Militares, pero por sobre todo "ciudadanos comprometidos con la seguridad y el desarrollo del Ecuador".